Эпиднадзор за пандемией не был подготовлен к такому вирусу, как SARS-CoV-2 - американские ученые

Портал medicalxpress.com сообщил, что ученые уверены: их моделирование предполагает, что мутирующий вирус вымирает естественным путем более чем в трех четвертях времени, не вызывая эпидемии.

«Наше исследование было разработано, чтобы ответить на вопрос о том, как долго SARS-CoV-2 мог распространяться в Китае, прежде чем он был обнаружен. Для этого мы объединили три важных элемента информации: подробное понимание того, как SARS-CoV-2 распространялся в Ухане до блокировки, генетическое разнообразие вируса в Китае и сообщения о самых ранних случаях COVID-19 в Китай. Объединив эти разрозненные доказательства, мы смогли установить верхний предел - середину октября 2019 года, когда SARS-CoV-2 начал циркулировать в провинции Хубэй», - сказал старший автор исследования доктор PhD Джоэл О. Вертхайм.

Первые сообщения о случаях COVID-19 были зарегистрированы в конце декабря 2019 года в Ухане. Вирус быстро распространился за пределы провинции Хубэй. Китайские власти оцепили регион и приняли меры по смягчению последствий по всей стране. К апрелю 2020 года местная передача вируса была под контролем, но к тому времени COVID-19 был пандемией, о случаях заболевания сообщали более 100 стран. SARS-CoV-2 - это зоонозный коронавирус, который, как считается, перешел от неизвестного животного-хозяина к человеку. Были предприняты многочисленные усилия, чтобы определить, когда вирус впервые начал распространяться среди людей, на основе исследований ранее диагностированных случаев COVID-19. Первый кластер случаев - и самые ранние секвенированные геномы SARS-CoV-2 - были связаны с оптовым рынком морепродуктов Хуанань. Но авторы исследования говорят, что этот рыночный кластер вряд ли ознаменовал начало пандемии, поскольку самый ранний зарегистрированный случай COVID-19 не имел отношения к рынку. По сообщениям региональных газет, диагноз COVID-19 в провинции Хубэй был диагностирован как минимум 17 ноября 2019 года, что свидетельствует о том, что вирус уже активно циркулировал, когда власти Китая приняли меры общественного здравоохранения. В новом исследовании исследователи использовали эволюционный анализ молекулярных часов, чтобы попытаться определить, когда произошел первый или индексный случай SARS-CoV-2. «Молекулярные часы» - это термин для метода, который использует скорость мутации генов, чтобы определить, когда две или более формы жизни разошлись: в данном случае, когда существовал общий предок всех вариантов SARS-CoV-2, согласно оценкам данного исследования. до середины ноября 2019 года. Молекулярное датирование самого недавнего общего предка часто считается синонимом индексного случая новой болезни. Однако, как сказал соавтор Майкл Воробей: «Индексный случай предположительно может предшествовать общему предку - фактический первый случай этой вспышки мог произойти через несколько дней, недель или даже за много месяцев до предполагаемого общего предка. Определение длины этого «филогенетического слияния» было в центре нашего исследования». Основываясь на этой работе, исследователи подсчитали, что среднее число людей, инфицированных SARS-CoV-2 в Китае, было меньше одного до 4 ноября 2019 года. Тринадцать дней спустя это было четыре человека, а на 1 декабря 2019 года - всего девять. Первые госпитализации в Ухане с заболеванием, позднее идентифицированным как COVID-19, произошли в середине декабря. Авторы исследования использовали различные аналитические инструменты, чтобы смоделировать, как вирус SARS-CoV-2 мог вести себя во время первоначальной вспышки и в первые дни пандемии, когда он был в значительной степени неизвестным субъектом, а масштабы угрозы общественному здоровью еще не были полностью осознаны. . Эти инструменты включали моделирование эпидемий, основанное на известной биологии вируса, такой как его передаваемость и другие факторы. Всего в 29,7% этих имитаций вирус смог вызвать самоподдерживающиеся эпидемии. В остальных 70,3% вирус заразил сравнительно небольшое количество людей, прежде чем умер. В среднем неудавшаяся эпидемия заканчивалась всего через восемь дней после индексного случая.

«Обычно ученые используют генетическое разнообразие вирусов, чтобы определить время начала распространения вируса. Наше исследование добавило важный слой к этому подходу, смоделировав, как долго вирус мог циркулировать, прежде чем привел к наблюдаемому генетическому разнообразию. Наш подход дал некоторые удивительные результаты. Мы увидели, что более двух третей эпидемий, которые мы пытались моделировать, исчезли. Это означает, что если бы мы могли вернуться во времени и повторить 2019 год сто раз, два из трех раз, COVID-19 выдохлась бы сама по себе, не вызвав пандемии. Это открытие подтверждает мнение о том, что люди постоянно подвергаются бомбардировке зоонозными патогенами", - сказал Джоэл О. Вертхайм.

Ученый добавил,  что даже несмотря на то, что SARS-CoV-2 циркулировал в Китае осенью 2019 года, модель исследователей предполагает, что это происходило на низких уровнях как минимум до декабря того же года. «Учитывая это, трудно совместить такой низкий уровень вируса в Китае с заявлениями об инфекциях в Европе и США одновременно. В то время я довольно скептически отношусь к заявлениям о COVID-19 за пределами Китая»», - сказал Вертхайм.  Авторы пишут, что первоначальный штамм SARS-CoV-2 стал эпидемическим, потому что он был широко рассредоточен, что способствует устойчивости, и потому, что он процветал в городских районах, где передача была легче. В смоделированных эпидемиях с участием менее плотных сельских сообществ эпидемии исчезли в 94,5–99,6% случаев. С тех пор вирус несколько раз мутировал, при этом ряд вариантов стал более передаваемым.

«Эпиднадзор за пандемией не был подготовлен к такому вирусу, как SARS-CoV-2. Мы искали следующую атипичную пневмонию или MERS, что-то, что убивало бы людей с высокой скоростью, но, оглядываясь назад, мы видим, как высоконаследственный вирус с умеренным уровнем смертности также может привести к гибели мира», - заключил Вертхайм.